La Secretaría Ejecutiva Trinacional es el órgano ejecutivo permanente de la Comisión Trinacional con sede en San Salvador, El Salvador. Su objetivo fundamental es el de contribuir a la realización de los objetivos del Tratado para la Ejecución del Plan Trifinio.

La Secretaría Ejecutiva cuenta además con una Unidad Administrativa Trinacional (UAT) con sede en San Salvador, El Salvador y una Gerencia Técnica Trinacional (GTT) ubicada en Esquipulas, Guatemala.

La Secretaría Ejecutiva Trinacional estará integrada por:

Un Secretario (a) Ejecutivo (a) Trinacional, quien será el Coordinador de la misma; y

Un Director (a) Ejecutivo (a) Nacional por cada uno de los países partes del Tratado.

Funciones de la Secretaría Ejecutiva Trinacional:

• Ejecutar los mandatos que la Comisión Trinacional le encomiende.
• Evaluar periódicamente la ejecución y actualización del Plan Trifinio y rendir informes de su estado de avance a la Comisión Trinacional, cubriendo todos los aspectos técnicos, administrativos y financieros.
• Supervisar la administración de los recursos asignados por los Gobiernos, así como las donaciones y recursos financieros no reembolsables, para la realización de estudios o el fortalecimiento institucional del Plan.
• Analizar las demandas de las instituciones nacionales y organismos locales, así como de las asociaciones civiles, vinculados al Plan y proponer acciones a la Comisión Trinacional.
• Revisar y evaluar los informes parciales y anuales preparados por el Secretario Ejecutivo Trinacional, antes de que sean presentados a la Comisión Trinacional.
• Preparar las reuniones de la Comisión Trinacional.