La Comisión Trinacional del Plan Trifinio (CTPT) es el ente encargado de tutelar la ejecución del Plan Trifinio y de su permanente actualización. Está conformada por los Vicepresidentes de El Salvador y Guatemala y un Designado a la Presidencia de Honduras.

La CTPT es parte del Sistema de la Integración Centroamericana (SICA) y es la máxima autoridad de carácter regional Trinacional. Posee autonomía administrativa, financiera y técnica y personalidad jurídica propia y una Secretaría Ejecutiva Trinacional.

Funciones de la Comisión Trinacional

• Actuar como órgano permanente de coordinación y consulta.
• Servir de foro de alto nivel para analizar problemas de desarrollo sostenible de la Región del Trifinio.
• Aprobar políticas, planes y programas anuales.
• Examinar y aprobar los ajustes y actualizaciones del Plan Trifinio.
• Aceptar las donaciones y recibir la cooperación técnica y financiera no reembolsable que requiera para su funcionamiento y fortalecimiento.
• Aprobar los planes operativos anuales de la Secretaría Ejecutiva Trinacional.
• Recabar la opinión del Comité Consultivo del Plan Trifinio.
• Promover la cooperación financiera.
• Aprobar su propio reglamento de funcionamiento y las normas de funcionamiento de la Secretaría Ejecutiva y del Comité Consultivo.