La Dirección Ejecutiva Nacional de Plan Trifinio es el ente encargado de organizar, acompañar y dar seguimiento a las acciones de incidencia de los miembros de la CTPT, en cada nivel de gestión de cooperación a nivel nacional.

Se cuenta con un Director Ejecutivo Nacional por país, quienes son designados por el respectivo vicepresidente o designado a la presidencia y son los enlaces directos con los ministerios e instituciones gubernamentales de cada país, coordinando actividades relevantes para alcanzar logros importantes en cada área de la Región Trifinio.

Funciones del Director Ejecutivo Nacional:

• Mantener permanentemente informado a su respectivo vicepresidente o designado a la presidencia de las actuaciones de la Secretaria Ejecutiva Trinacional.
• Asegurar el cumplimiento a  nivel nacional de los mandatos de la Comision Trinacional en el marco del presente acuerdo.
• Apoyar al Secretario Ejecutivo Trinacional en el cumplimiento de sus funciones, particularmente en la gestión de asistencia técnica y financiera para la realización de estudios, formulación y ejecución de proyectos enmarcados en el Plan Trifinio.
• Servir de enlace y coordinación permanente entre las instituciones y asociaciones nacionales vinculadas al Plan Trifinio.
• Mantener relaciones de cooperacion con organismos y programas regionales e internacionales y con entidades gubernamentales o privadas que persigan objetivos comprendidos o afines a los del Plan Trifinio.
• Asistir y participar en las reuniones de la Secretaria Ejecutiva Trinacional
• Divulgar las decisiones de la Comision Trinacional del Plan Trifinio y los resultados de sus actividades

 Cualesquiera otra que le asigne el vicepresidente o designado a la presidencia respectivo, en relación a los objetivos y fines del presente tratado. 

Jorge Enrique Urbina Director Ejecutivo Nacional El Salvador		César Augusto Beltetón Director Ejecutivo Nacional Guatemala		Jorge Aguilar Paredes Director Ejecutivo Nacional Honduras