La Región del Trifinio está ubicada entre los 88°45´ y 89°50´ de longitud oeste y entre los 14°05´ y 15°12´ de latitud norte. En el centro de la misma se encuentra el macizo de Montecristo donde confluyen las fronteras de El Salvador, Guatemala y Honduras.

La Región está conformada por 8 municipios de los Departamentos de Santa Ana y Chalatenango en El Salvador; 15 municipios de los Departamentos de Jutiapa y Chiquimula en Guatemala; y 22 municipios de los Departamentos de Ocotepeque y Copán en Honduras.