Zonificación
Como toda Reserva de Biosfera, la RBTTF cuenta con una zonificación para la mejor administración y ordenamiento de las actividades a realizarse, establecida de la siguiente manera
Zonas Núcleo
La integran cinco áreas protegidas legalmente declaradas
El Salvador
- Parque Nacional Montecristo
- PN San Diego y San Felipe Las Barras
- Complejo lagunar Güija
Guatemala
- Reserva de Biosfera Trifinio (Fraternidad)
Honduras
- Parque Nacional Montecristo-Trifinio
- Parque Nacional Cerro Azul
- Reserva Biológica Güisayote
- Reserva Biolólica El Pital
- Monumento Natural Ruinas de Copán
- Microcuencas declaradas para su conservación
Zonas Tampón (Amortiguamiento)
Formada por un mosaico de paisaje en donde se conjugan los bosques con sistemas agrícolas de cultivo de granos básicos, hortalizas, ganadería y al cultivo de café.
Zona de Transición
Formada por un mosaico de bosques, pesca, sistemas agrícolas de cultivo de granos básicos, hortalizas, ganadería y café, zonas urbanas, equipamiento e infraestructura vial, actividades económicas vinculadas a la industria, comercio, y explotación de minerales menores.