Los ecosistemas predominantes son el bosque nuboso, bosque seco subtropical estacionario, bosque de pino-roble y el humedal Complejo Lagunar Güija, éste último declarado como Sitio de Importancia Internacional RAMSAR, refugio para 47 especies de flora y fauna amenazadas a nivel mundial.

Contempla dos biomas importantes a nivel global, siendo éstos: Bosques tropicales y subtropicales húmedos de hoja ancha y los Bosques tropicales y subtropicales secos de hoja ancha. Además cuenta con tres eco-regiones importantes para la conservación en Mesoamérica: el bosque seco tropical, bosque de pino-encino y el Bosque montano húmedo;